Начнем с первоисточника – ч.1 НК РФ. Читаем:
Статья 80. Налоговая декларация
...
3. Налоговая декларация (расчет) представляется в налоговый орган по месту учета налогоплательщика (плательщика сбора, налогового агента) по установленной форме на бумажном носителе или по установленным форматам в электронном виде вместе с документами, которые в соответствии с настоящим Кодексом должны прилагаться к налоговой декларации (расчету).
4. ...
Налоговый орган не вправе отказать в принятии налоговой декларации (расчета), представленной налогоплательщиком (плательщиком сборов, налоговым агентом) по установленной форме (установленному формату), и обязан проставить по просьбе налогоплательщика (плательщика сбора, налогового агента) на копии налоговой декларации (копии расчета) отметку о принятии и дату ее получения при получении налоговой декларации (расчета) на бумажном носителе либо передать налогоплательщику (плательщику сбора, налоговому агенту) квитанцию о приеме в электронном виде - при получении налоговой декларации (расчета) по телекоммуникационным каналам связи.
...
7. Формы налоговых деклараций (расчетов) и порядок их заполнения утверждаются Министерством финансов Российской Федерации, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом.
Форматы представления налоговых деклараций (расчетов) в электронном виде утверждаются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов, на основании форм налоговых деклараций (расчетов) и порядка их заполнения, утвержденных Министерством финансов Российской Федерации.
В данном случае Вы представили декларацию (расчет) не по установленной форме. Налоговый орган имел все основания для того, чтобы не принять эту декларацию. Что он, видимо, и сделал.
Вы должны подать декларацию (расчет) снова уже по установленной форме. Она будет считаться «первичной», поскольку ее приняли впервые. За несвоевременную подачу декларации (расчета) следует штраф по статье 119 НК РФ.
Я могу Вам посоветовать обратиться в налоговый орган с просьбой уменьшить штраф, поскольку есть смягчающие основания. По п. 3 ст. 114 НК РФ при наличии хотя бы одного смягчающего ответственность обстоятельства размер штрафа подлежит уменьшению не меньше, чем в два раза по сравнению с размером, установленным соответствующей статьей НК РФ.
В Вашем случае смягчающим обстоятельство является то, что представленная Вами декларация вместо расчета содержала все необходимые для начисления налога (авансового платежа) данные и позволяла инспекторам своевременно сделать начисление. Кроме того, следует указать, что налог уплачен в бюджет вовремя и в полном объеме. Можно еще указать на несоответствие тяжести проступка и величины штрафа (если, конечно, штраф получается большим). Если добавите еще какие-нибудь обстоятельства (пожалостливей), думаю, что штраф можно уменьшить до совсем маленьких величин.
Но это все в том случае, если первую декларацию вернули.
Если же, по каким-то причинам, инспекторы проглядели несоответствие формы и приняли первую декларацию, а еще лучше, начислили налог в лицевом счете, и лишь в ходе камералки увидели и потребовали представить заново, то в этом случае вообще нельзя штрафовать, поскольку новая декларация будет уже «корректирующая».
Так что если у Вас есть на руках подтверждение принятие отчета (протокол приема или что там при электронной сдаче выдают), то Вы сможете вообще избежать штрафа. Ведь сдача уточненной декларации сроков не имеет и под статью 119 НК РФ не подпадает.
Успехов!